南京市妇幼保健院创建于1936年，前身为国立中央高级助产职业学校附设产院，现为南京医科大学附属妇产医院、国家级爱婴医院、省内首家三级甲等妇幼保健院，南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。医院集保健、医疗、教学、科研为一体，始终坚持“以保健为中心、以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，常年为群众提供多层次、全方位健康保健和疾病预防诊疗服务。
医院核定床位1500张。现有莫愁路、丁家庄两个院区，其中莫愁路院区总建筑面积10.63万平方米；2024年9月正式启用的丁家庄院区总建筑面积29.3万平方米。
在2022年度国家三级公立医院绩效考核中位列妇产医院（含妇幼保健院）第六，获最优等级A级；在2022年度全国妇幼保健机构绩效考核中位列全国第二，获最优等级A++，考核成绩均位列全省第一，综合实力稳居全国妇幼健康领域“第一方阵”。
医院以“强专科、精综合”为原则，以女性全生命周期健康管理服务为主线，构筑“围产医学部、儿童健康部、女性健康部、生殖健康部、综合诊疗部、平台学科部”六大部。通过持续强化传统的产科、妇科、新生儿科、麻醉科、产前诊断（遗传）研究室、中医科等重点专科，持续做大做强老牌学科。通过聚力发展血液净化中心、消化内镜中心、健康体检中心、小儿外科、疼痛科等特色科室，稳步做精做细新兴学科。通过精心打造重症医学科、综合内科、普外科、急诊医学科等支撑科室，深入提高综合救治能力。医院妇产科学为省“十四五”卫生健康科教能力提升工程之省医学重点学科；有省级临床重点专科5个、省级中医临床重点专科1个，市级医学重点专科11个、省妇幼保健重点学科4个。医院先后获批国家级儿童早期发展示范基地、国家孕产期保健特色专科、国家新生儿保健特色专科、国家更年期保健特色专科、国家孕前保健特色专科等。
医院着力推进医教研齐头并进，现为国家级住院医师规范化培训基地、国家级博士后科研工作站、南京医科大学生殖医学与子代健康全国重点实验室附属妇产医院分中心、南京市临床医学中心、南京市女性生育力保护及重塑医学重点实验室等。近五年获批国家重点研发计划课题、国家自然科学基金75项、省市级项目400余项；获各类科技成果奖26项，其中省部级科技成果奖17项，获各类新技术引进奖52项，其中省级以上新技术引进奖24项；在N Engl J Med、Nature、Nature medicine、Nature communications等权威期刊发表研究论文600余篇；获批专利和软件著作权235项，完成科技成果转化10余项。在中国医学院校/中国医院五年总科技量值（ASTEM）排行榜中，妇产科学第20名（全省第一）、儿科学第34名、整形外科学第40名、麻醉学第77名、泌尿外科学第100名。
医院在国内率先打造卫健系统“家”文化品牌，服务内涵围绕全生命周期，从单纯疾病诊治到服务于患者个体，延伸至关注其整个家庭。开创产科门诊“一医一护一诊室”、产科病区母婴床旁护理新模式，省内首开二胎咨询门诊，增设产科专病、特色门诊，成立高级专家会诊中心；加强病员服务中心建设，拓宽预约挂号渠道，优化分时段就诊，升级微导诊服务；成立国内第二家、华东地区首家纯公益性质母乳库，助力完善极低、超低出生体重儿救治与发展性照顾体系；推进“智慧医院”建设，2019年6月顺利通过国家电子病历系统功能应用水平分级评价五级评审（江苏省首批），2021年7月通过全国医院信息互联互通标准化成熟度测评四级甲等评审，2024年11月通过全国医院智慧服务分级评估三级评审；在全国率先试点女性全生命周期健康管理，以院内转诊转介功能模块为手段，搭建女性全生命周期智能化健康管理系统。
医院充分发挥辐射带动作用，健全三级妇幼保健网络体系，担负全市近200家医疗保健机构妇幼保健工作的业务培训、指导和质量管理，与125家基层单位建立双向转诊合作，促进基层人员服务能力不断提升。主动融入南京都市圈和长三角区域一体化发展，在省内率先成立妇幼保健专科联盟，现有集团成员单位41家、专科联盟成员单位9家、南京市内医联体成员单位23家，在“互联网+分级诊疗”的推动下，形成区域内补位发展模式，持续推进优质医疗资源扩容和均衡布局，不断满足群众多层次多样化妇幼健康服务需求。
医院秉承“厚德、爱生、精进、释悦”之院训，以全生命周期健康管理服务为主线，护佑妇女儿童健康为己任，努力打造国际知名、国内一流、省内示范的高水平妇幼保健院，为全方位、全周期保障人民群众特别是妇女儿童的健康贡献力量。