南京市妇幼保健院创建于1936年，前身为国立中央高级助产职业学校附设产院，现为南京医科大学附属妇产医院、国家级爱婴医院、省内首家三级甲等妇幼保健院，集保健、医疗、教学、科研为一体，始终坚持“以保健为中心、以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，常年为南京及周边地区妇女儿童提供多层次、全方位健康保健和疾病预防诊疗服务，是中国医院协会妇产医院管理分会会员单位、中国妇幼保健协会常务理事单位、江苏省医院协会妇幼保健院分会主委单位。
医院莫愁路院区占地面积2.02万平方米，总建筑面积10.63万平方米；2024年9月1日正式启用的丁家庄院区占地面积约150亩，总建筑面积29.3万平方米。医院编制床位1500张。现有职工总数2159人，其中高级职称632人，硕士及以上学历755人，博导17人，硕导83人。医院有省有突出贡献中青年专家3人；省“333高层次人才培养工程”第二层次1人、第三层次22人；省“双创博士”8人；省卫健委妇幼健康重点人才8人；市有突出贡献中青年专家4人；市中青年拔尖人才2人；市中医药青年人才2人；担任国家级、省级、市级学（协）会主委15人。
医院学科体系完善，妇产科学获江苏省“十四五”卫生健康科教能力提升工程之省医学重点学科；产科、产前诊断研究室、新生儿科、妇科、麻醉科、中医科为省级临床重点专科；儿童保健科、妇女保健科、乳腺科、检验科、超声诊断科、病理科、放射科、护理学为市级临床重点专科；妇女保健科、儿童保健科、生殖医学、计划生育为第三周期省妇幼保健重点学科。妇科、儿童保健科、护理部获批市卫健委“基层特色科室孵化中心”。南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。医院先后获批国家级儿童早期发展示范基地、国家孕产期保健特色专科、国家新生儿保健特色专科、国家更年期保健特色专科、国家孕前保健特色专科等。在最新公布的国家三级公立医院绩效考核中位列妇产医院（含妇幼保健院）第六，获最优等级A级；在全国妇幼保健机构绩效考核中位列全国第二，获最优等级A++，考核成绩均位列全省第一，综合实力稳居全国妇幼健康领域“第一方阵”。在中国医学院校/中国医院2019-2023五年总科技量值（ASTEM）排行榜中，妇产科学第20名（全省第一）、儿科学第34名、整形外科学第40名、麻醉学第77名、泌尿外科学第100名。
医院着力推进医教研齐头并进，现为国家级住院医师规范化培训基地、国家级博士后科研工作站、南京医科大学生殖医学与子代健康全国重点实验室附属妇产医院分中心、南京市临床医学中心、南京市女性生育力保护及重塑医学重点实验室、南京市发育行为医学重点实验室、南京市高技术公共服务平台，被授予南京市卫生健康系统“科技创新优秀集体”。近五年获批国家重点研发计划课题、国家自然科学基金75项、省市级项目400余项；获各类科技成果奖26项，其中省部级科技成果奖17项，获各类新技术引进奖52项，其中省级以上新技术引进奖24项；在N Engl J Med、Nature、Nature medicine、Nature communications等权威期刊发表研究论文600余篇；获批专利和软件著作权235项，完成科技成果转化10余项。
在国内率先打造卫健系统“家”文化品牌，培育“以病人家庭为中心的服务文化、员工及其家属间的家人文化”理念，服务内涵围绕全生命周期，从单纯疾病诊治到服务于患者个体，延伸至关注其整个家庭，从关心职工待遇延伸到关爱其身心健康、职业生涯成长。树立“患者到院如家，员工爱院如家”的良好形象，不断探索“家”文化引导的人文服务，倡导以“家”感人、以“家”留人、以“家”容人，使医院逐渐具有“家”的特质，顺应妇女儿童对美好生活的向往。“家”文化享誉国内，成为医院发展的金色名片。着力建设基于智慧医疗、智慧服务、智慧管理“三位一体”的智慧医院信息系统，通过国家电子病历系统功能应用水平分级评价五级评审（江苏省首批）、全国医院信息互联互通标准化成熟度测评四级甲等评审。在全国率先试点女性全生命周期健康管理，以院内转诊转介功能模块为手段，搭建女性全生命周期智能化健康管理系统。
医院充分发挥三级妇幼保健网顶单位作用，成立辖区妇幼健康服务质量管理委员会，健全三级妇幼保健网络体系，担负全市近200家医疗保健机构妇幼保健工作的业务培训、指导和质量管理，与125家基层单位建立双向转诊合作，促进基层人员服务能力不断提升。主动融入南京都市圈和长三角区域一体化发展，在省内率先成立妇幼保健专科联盟，现有集团成员单位40家，南京市内医联体成员单位23家，在“互联网+分级诊疗”的推动下，形成区域内补位发展模式，持续推进优质医疗资源扩容和均衡布局，不断满足群众多层次多样化妇幼健康服务需求。
南京市妇幼保健院秉承“厚德、爱生、精进、释悦”之院训，以“强专科、精综合”为原则，以女性全生命周期健康管理服务为主线，护佑妇女儿童健康为己任，努力打造服务能力强、运行效率高、内部管理精、群众口碑好，国际知名、国内一流、省内示范的高水平妇幼保健院。