南京市妇幼保健院儿科是医院的一级科室，设有新生儿科病房、母子病房、门诊输液室、24小时门急诊。主要引进先进的新生儿常频、高频呼吸机氧疗，外周静脉中心置管术（PICC），新生儿换血疗法，新生儿全静脉营养，新生儿窒息复苏等新技术，每年收治新生儿约1500人左右，其中早产儿约250-300人，极低出生体重儿约25-30人，抢救危重病儿数约200-300人次。自建科以来住院患儿病死率逐年下降，早产儿抢救存活率大于95%，超低、极低出生体重儿抢救存活率在80%以上，均居国内一流水平。近年来，该科先后承担了多项省市级课题，并获得多项省、市、院级的奖励，并于2004年9月成立新生儿窒息复苏培训中心。